Vũ Phạm Khải để lại một khối lượng tác phẩm khá phong phú. Các tác phẩm này đều viết bằng chữ Hán và lưu trữ tại Viện Nghiên cứu Hán Nôm, gồm có:

- Ngu Sơn văn tập, ký hiệu VHv.265/1-14.

- Ngu Sơn toàn tập, ký hiệu A.2483/1-2.

- Ngu Sơn văn tuyển, ký hiệu VHv.1792.

- Đông Dương văn, ký hiệu A.1082.

- Đông Dương văn tập, ký hiệu: A.193.

- Phượng Trì Đông Dương tiên sinh văn tập, ký hiệu VHv.1822.

- Phượng Trì văn tập, ký hiệu A.2458.

- Dưỡng Trai tập, ký hiệu A.429.

- Vũ Đông Dương văn tập, ký hiệu A.1884.

- Tiến lãm văn thảo, ký hiệu A.2652.

- Tổ tiễn hợp tập, ký hiệu A.397.

- Trướng đối tạp lục, ký hiệu VHv.1920.

- Ý ngữ tùng lục, ký hiệu A.432.

- Lịch đại chính hình thông khảo, ký hiệu A.1670.

Ngoài ra còn nhiều sách khác có ghi chép tác phẩm của ông, ở đây chỉ kể những cuốn chủ yếu:

- Danh gia thi tuyển, ký hiệu VHv.1603.

- Hàn các tạp lục, ký hiệu A.1463.

- Hàn uyển lưu phương, ký hiệu A.3166.

- Quốc triều thi lục, ký hiệu A.2864/1-5.

- Thi trướng tạp biện, ký hiệu VHv.1869.

Viện Sử học cũng còn giữ được hai cuốn sách chép tay mang tên Ngu Sơn văn tập, ký hiệu VH.154 và VH.155.